Oftmals werden Schädlingsbekämpfer mit Situationen konfrontiert, in denen Gesundheitsschädlinge über Ihre Ausscheidungen teils gefährliche Krankheiten auslösen können. In derartigen Fällen ist Desinfektion eines Schädlingsbekämpfers jedoch so zu verstehen, dass totes oder lebendes Material in einen Zustand versetzt wird, dass es nicht mehr infizieren bzw. schädigen kann.
Desinfektionen können beispielsweise vor der Schädlingsbekämpfung oder im Nachhinein (Taubenkotentfernung) stattfinden.
Ebenso kann Schädlingsbekämpfung sinnvoll durch Desinfektion ergänzt werden bei starkem Schadnagerbefall, Kadaverentsorgungen, Taubenabwehr, Schimmelpilzbekämpfung oder Leichenwohnungen. Hier ist Desinfektion nicht nur wünschenswert sondern notwendig um Pilzsporen, Bakterien, pathogene Keime oder Viren abzutöten. Hier wird dann in Physikalische- und Chemische Verfahren unterschieden.